中國孔子研究院是國務院1996年批準設立的研究孔子及其思想的專門機構，具有學術研究與交流、博物展覽、文獻收藏、孔子及儒學研究信息交流、人才培訓等功能，規劃建設成為世界儒學研究與交流中心。
孔子研究院工程由中國科學院院士、工程院院士、
清華大學教授吳良鏞先生規劃設計。總體布局構圖以方和圓作為基本母題，用隱喻方式充分表達中國文化內涵，將儒學的“仁”、“和”觀念融入規劃之中，借鑒“洛書”、“河圖”、“九宮”格式及風水學說理論，將現有地段匠心獨運、合理布局。建筑形式充分表達了孔子的文化思想內涵，體現了民族性、時代性和紀念性。
杏壇
院門兩側，杏花搖曳，仔細一數，每側恰為36株，孔子杏壇設教，弟子三千，賢人七十有二，不用說，杏樹是象征七十二賢的。穿過大門，腳下是用紅色的花崗巖或橫或豎鋪成的甬路，一行圓形的漢白玉鑲嵌在甬路正中，仔細一看，原來是古代玉佩的圖案。孔子是古代文化的熱心繼承倡導者，極力推崇周代禮樂文化，禮樂也成為孔子思想的一個重要組成部分。設計者研精覃思，在如此平常的通道上也刻劃了如此厚重的傳統文化符號。
東西兩坊
跨過石橋，迎面兩坊相射而立，東坊題“志道據德”，西坊題“依仁游藝”。典故出自《論語》，“子曰‘志于道，據于德，依于仁，游于藝’”，孔子以此教人，我們也應依此做人。
牌坊
牌坊是中心廣場的入口，過坊就是辟雍廣場。廣場呈方形，80米見方，北面主樓俯視，東、西、南三面長廊圍護。
高臺明堂
廣場正北是高30米的主樓。樓88.8米見方，是傳統的高臺明堂式建筑。高四層，一層為臺基，內設圖書室、閱覽室。二層方形，三、四層圓形，寓意天圓地方。脊吻為鳳，鳳是祥鳥，只有天下清平有道時才會出現，所以在春秋禮崩樂壞的時期，孔子認為天下有道無望，發出“鳳鳥不至，河不出圖，吾已矣夫”的悲嘆。如今天下清平，鳳凰來儀，孔子有知，當會欣然而笑。
主廳
二、三層主廳現舉辦著孔子紀念展覽，以圖片、器物、雕塑、繪畫等形象地介紹孔子的生平、孔子的思想、儒學的發展和孔子思想在海內外的影響，仔細參觀，如同瀏覽一部孔子思想簡史。
二層主廳后面還有兩個展廳，西廳“千年香煙”主要展出歷代祭祀孔子的祭祀文物，而東廳展出當代著名書畫家書畫作品和海外政治聞人對孔子的評價題詞，由此可見古今中外對孔子的敬仰。
乘電梯直上四樓，圓形的展櫥內陳列著金版《四書》——中文的《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》和英文《論語》，書銅版鎏金，美輪美奐，恐怕是世界上第一部金屬版《四書》。
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